براساس ماده دو لایحه تشکیل سازمان صنایع دریایی نیروهای مسلح این سازمان دارای شخصیت حقوقی مستقل می باشد و به صورت شرکت دولتی وابسته به وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح اداره می شود.
در تبصره یک این ماده آمده است که امور استخدامی هر یک از کارکنان سازمان تا تصویب قانون اداری استخدامی وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، حسب مورد، تابع مقررات استخدامی مربوط در نیروهای مسلح خواهد بود.
در تبصره دو این ماده؛ صورت های مالی سازمان با ضوابط سازمان حسابرسی وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح رسیدگی می شود.
در تبصره سه این ماده آمده است که انجام معاملات در مورد محصولات نظامی اعم از کالا یا خدمات تابع مقررات برگزاری مناقصات نیروهای مسلح است. تشخیص محصولات نظامی با پیشنهاد رئیس سازمان و تائید وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح است.
در تبصره چهار این ماده؛ سازمان در مواردی که در این قانون و یا اساسنامه مقررات خاصی پیش بینی نشده است، تابع قوانین و مقررات عمومی کشور خواهد بود.